Hallo,
vermutlich basieren beide Dokumente auf der Seitenformatvorlage "Standard", die nach dem Einfügen (Menü Einfügen > Datei...) natürlich nicht "doppelt" gelten kann.
Lösung 1:
Unterschiedliche Namen für die Seitenformatvorlagen verwenden.
Lösung 2:
Am Ende des einen Dokuments ("Container") einen erzwungenen Seitenwechsel einfügen, jedoch so, dass danach eine Seitenformatvorlage Gültigkeit hat, die die Werte des einzufügenden Dokuments hat. Du könntest mit Taste F11 den Formatvorlagen-Manager öffnen und eine zweite Vorlage aus der Vorlage "Standard" gewinnen, indem du "Standard" (Seite) mit rechter Mastaste anklickst und
Neu... wählst. Vergib dann den Namen (z.B. "Standard2") und trage die geänderten Werte ein, so dass sie mit denen des zweiten einzufügenden Dokuments übereinstimmen...
Was du hier eventuell beachten solltest:
- Vergib in dieser neuen Seitenformatvorlage als Namen für die Folgevorlage ebenso diesen Namen (z.B. "Standard2")
- Es ist vermutlich geschickter, erst die neue Seitenvorlage zu erstellen, dann am Ende des ersten Dokuments einen manuellen Seitenwechsel einzufügen (Menü Einfügen > Manuelle Umbruch... > Seitenumbruch :: Standard2)
Dann über die Zwischenablage die Inhalte der zweiten Datei einkopieren.
Ich habe meine Vorschläge jetzt nicht ausprobiert...

Versuch's mal in diese Richtung, wenn's nicht klappt, wird sicher jemand weiterhelfen.
Ciao
PS: Du schreibst von "unterschiedlichen Formaten". Sind davon auch Absätze betroffen?! Ich verstehe deine Frage so, dass es zunächst einfach um den Seitenaufbau geht, der über die Seitenformatvorlagen gesteuert wird...
PPS: Mit Taste F1 kannst du die Hilfe aufrufen; Suchbegriff:
Seitenvorlage